Κατ’ αρχήν, στηρίζουν τις τελευταίες στη Μεσόγειο, μεγάλες εκτάσεις από θαλάσσια λιβάδια Ποσειδωνίας (τις λεγόμενες φυκιάδες), που είναι ο σημαντικότερος προστατευόμενος τύπος οικοσυστήματος στη Μεσόγειο, θεμελιώδους σημασίας για την παραγωγικότητα των θαλάσσιων οικοσυστημάτων αλλά και της αλιείας. Τα λιβάδια Ποσειδωνίας συμβάλλουν στην αποτροπή της παράκτιας διάβρωσης, ενώ η καταστροφή τους συνεπάγεται εκτενή διάβρωση καθώς και εξαφάνιση παραλιών. Στην αμέσως βαθύτερη θαλάσσια ζώνη συναντάμε περιοχές με τη λεγόμενη «τραγάνα», προστατευόμενους υφάλους ασβεστολιθικών ροδοφυκών, ξεχωριστής σημασίας για την παραγωγικότητα των ιχθυοαποθεμάτων, που απαιτούν έως και 11.000 χρόνια για το σχηματισμό τους. Στα παράκτια οικοσυστήματα, έχουν καταγραφεί περισσότερα από 550 είδη φυκών, 120 είδη σφουγγαριών και χιλιάδες είδη ασπόνδυλων οργανισμών και ψαριών, που θα χρειάζονταν πολλές σελίδες να για περιγράψουμε. Οι ανοιχτές θάλασσες στηρίζουν από τους σημαντικότερους στη Μεσόγειο, πληθυσμούς θαλάσσιων θηλαστικών, με 4 είδη δελφινιών, 2 είδη φαλαινών, ενώ στους παράκτιους οικοτόπους ζει ο μεγαλύτερος εναπομείναν στον κόσμο πληθυσμός Μεσογειακής φώκιας, ένα είδος που απειλείται με άμεση εξαφάνιση.