Το γαστρεντερικό σύστημα είναι ένα περίπλοκο στη φύση του περιβάλλον και φιλοξενεί χιλιάδες τύπους βακτηρίων (βακτηριοειδή, εντεροβακτήρια, λακτοβάκιλος, στρεπτόκοκκος και σταφυλόκοκκος). O αριθμός των βακτηρίων του λεπτού εντέρου κυμαίνεται μέχρι τα 103 ανά γραμμάριο εντερικού περιεχομένου